La rabbiosa energia che trabocca dalle sue due prime opere si stempera in una aspirazione alla coesistenza e alla riconciliazione in Birdcage Inn. In questo film, Kim tenta di affrontare il sesso come "una componente della vita" e di raccontarlo come "un mezzo di reciproco avvicinamento".

Il suo quarto film, The Isle, rappresenta un'importante svolta. Ancora una volta il film divide pubblico e critica, ma la sua collocazione in concorso a Venezia e i proventi della vendita all'estero diventano l'opportunità per Kim per essere classificato come "un regista che magari non si riesce a capire fino in fondo, ma di sicuro talento". Il film è sconvolgente, porta alla superfice immagini e idee apparse occasionalmente nei primi film e vale a Kim l'appellativo di "regista capace di contemplare attraverso le immagini", un'espressione usata solo per il cinema di Yoo Hyun-mok, maestro del cinema coreano nei gloriosi anni '60.

Un giornalista italiano, commentando The Isle, ha notato che "dopo questo film la distinzione tra l'amare e il non amare qualcuno ha perso di senso": in The Isle Kim ritorna a trattare la relazione masochistica fra un uomo e una donna, spiegando che il cambiamento di rotta rispetto a Birdcage Inn "non è pianificato, è come un riflesso condizionato del sistema nervoso".

Ma in effetti il film prosegue il discorso di Kim: i personaggi di questo film come dei precedenti tradiscono le aspettative e spiazzano il pubblico, inclassificabili come sono nelle categorie tradizionali di bene e male, di bellezza e bruttezza. Allo stesso modo, anziché definirli buoni o cattivi, lo spettatore è portato a dubitare dei limiti di classe e di genere, a mettere in discussione i concetti di normalità e anormalità, ordine e disordine, di centro e di periferia. Nell'ultimo film di Kim, Address Unknown è il personaggio di James a svolgere questo ruolo destabilizzante. Kim commenta la dolorosa situazione dei militari americani di stanza in Corea affermando che "ogni soldato come individuo, è soltanto un essere umano solo, che passa la sua giovinezza in un paese straniero".

Nel suo quinto film, Real Fiction, Kim esplora invece il limite fra il conscio e l'inconscio, fra la realtà e la fantasia. Un altro alter ego di Kim, che in questo film si chiama "I", cade vittima del suo "id" nel momento in cui assiste ad uno spettacolo teatrale. Ritornando alla realtà dopo questo lungo viaggio della coscienza, si rende conto che nulla è cambiato a Seul. "I film non possono cambiare la realtà, ma semmai lo stato di coscienza di un individuo", commenta Kim.